Doanh nghiệp chế xuất (DNCX) hoạt động theo cơ chế của khu phi thuế quan nên việc quản lý hàng hóa, nguyên vật liệu, máy móc và sản phẩm xuất nhập khẩu có nhiều điểm đặc thù. Bên cạnh các thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất thông thường, doanh nghiệp cần đáp ứng các yêu cầu về điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý định mức, theo dõi nhập – xuất – tồn và báo cáo quyết toán.
Hiện nay, các quy định liên quan đến DNCX được điều chỉnh bởi nhiều văn bản, trong đó đáng chú ý là Nghị định 18/2021/NĐ-CP và Nghị định 35/2022/NĐ-CP. Theo quy định, DNCX phải đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi chính thức đi vào hoạt động; hệ thống quản lý hàng hóa và dữ liệu phục vụ kiểm tra cũng cần được tổ chức phù hợp.
Dưới đây là 5 nhóm công việc, hồ sơ và thủ tục quan trọng mà doanh nghiệp chế xuất cần đặc biệt lưu ý. Đại lý hải quan của NEU Logi sau đây đã tổng hợp và giải thích chi tiết, mời quý khách hàng cùng tham khảo.
5 loại thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất
Các thủ tục này đóng vai trò vô cùng quan trọng đối với các doanh nghiệp trong quá trình vận hành cũng như xuất khẩu hàng hóa.

Xây dựng và quản lý định mức thực tế sản xuất
Thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất đầu tiên đối với lĩnh vực gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu, việc xây dựng định mức thực tế là một trong những nội dung quan trọng để quản lý nguyên liệu, vật tư và sản phẩm.
Thông thường, doanh nghiệp cần xác định:
- Định mức sử dụng nguyên liệu: Lượng nguyên liệu thực tế cần thiết để sản xuất một đơn vị sản phẩm.
- Định mức vật tư tiêu hao: Lượng vật tư thực tế tiêu hao trong quá trình sản xuất.
- Tỷ lệ hao hụt: Phần nguyên liệu, vật tư bị hao hụt trong quá trình sản xuất.
- Định mức tách nguyên liệu: Trường hợp một nguyên liệu ban đầu được phân tách thành nhiều thành phần để tiếp tục sản xuất sản phẩm xuất khẩu.
Các định mức cần được xây dựng dựa trên quy trình sản xuất và số liệu thực tế, đồng thời doanh nghiệp phải lưu giữ hồ sơ, tài liệu liên quan để phục vụ việc giải trình khi cơ quan hải quan kiểm tra thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất.
Một điểm cần lưu ý là định mức không nên được xem là con số cố định cho mọi thời điểm. Khi thay đổi máy móc, công nghệ, nguyên liệu hoặc quy trình sản xuất làm thay đổi mức tiêu hao, doanh nghiệp cần rà soát và cập nhật số liệu thực tế tương ứng.
Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất như định mức và việc sử dụng nguyên liệu, vật tư đúng mục đích.
Nếu doanh nghiệp quan tâm, có thể tham khảo thêm kiến thức về: Công ty forwarder khác gì công ty logistics?
Kiểm tra cơ sở sản xuất và năng lực gia công, sản xuất
Cơ quan hải quan có thể thực hiện kiểm tra cơ sở gia công, sản xuất và năng lực sản xuất trong những trường hợp thuộc diện kiểm tra theo quy định.
Nội dung kiểm tra về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất có thể tập trung vào:
- Địa chỉ và tình trạng thực tế của cơ sở sản xuất.
- Máy móc, thiết bị và dây chuyền sản xuất.
- Kho nguyên liệu, vật tư và khu vực lưu giữ thành phẩm.
- Số lượng, chủng loại máy móc so với năng lực sản xuất khai báo.
- Nhân lực phục vụ hoạt động sản xuất.
- Quy trình quản lý nguyên liệu, vật tư và sản phẩm.
- Hồ sơ, sổ sách và phần mềm quản lý hàng hóa.
Đặc biệt, thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất phải đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp cần có khu vực được ngăn cách phù hợp, cổng/cửa kiểm soát và hệ thống camera đáp ứng yêu cầu giám sát; dữ liệu hình ảnh phải được lưu trữ theo quy định. Doanh nghiệp cũng cần có phần mềm quản lý hàng hóa nhập khẩu thuộc diện quản lý để phục vụ báo cáo quyết toán nhập – xuất – tồn.
Sau khi kiểm tra, cơ quan hải quan lập biên bản và cập nhật kết quả theo quy định. Vì vậy, doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ, sơ đồ nhà xưởng, danh sách máy móc, chứng từ mua sắm và tài liệu quản lý sản xuất một cách đầy đủ, thống nhất phục vụ cho các công tác như vận tải đường biển quốc tế.
Xác định đúng địa điểm và loại hình làm thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất
Một nội dung quan trọng khác là xác định đúng Chi cục Hải quan và địa điểm thực hiện thủ tục đối với từng loại hàng hóa.
Tùy trường hợp, có thể thực hiện thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất tại Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất hoặc địa điểm phù hợp theo quy định đối với từng loại hình hàng hóa.
Đặc biệt, quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa về nguyên tắc được xem là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu, trừ các trường hợp pháp luật quy định không phải làm thủ tục hải quan. Nghị định 35/2022/NĐ-CP cũng quy định một số hàng hóa từ nội địa đưa vào DNCX như vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm và hàng tiêu dùng có thể thuộc trường hợp lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan theo điều kiện cụ thể.
Do đó, trước mỗi giao dịch, doanh nghiệp kiểm tra thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất và nên xác định rõ:
Loại hàng hóa → quan hệ giao dịch → loại hình xuất nhập khẩu → chính sách thuế → thủ tục hải quan cần thực hiện.
Việc xác định sai ngay từ đầu có thể dẫn đến phải điều chỉnh hồ sơ, ảnh hưởng tiến độ giao nhận hàng và tiềm ẩn rủi ro về thuế.
Nắm bắt thêm: Mức bảo hiểm cho hàng hóa giá trị cao khi vận chuyển đường biển
Kiểm tra tình hình sử dụng và tồn kho nguyên liệu, vật tư
Tiếp theo trong thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất, cơ sở cần tổ chức theo dõi chặt chẽ tình trạng nhập – xuất – tồn của nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và hàng hóa.
Trong trường hợp phát sinh dấu hiệu bất thường hoặc có cơ sở nghi ngờ vi phạm trong quản lý, sử dụng nguyên liệu nhập khẩu, cơ quan hải quan có thể tiến hành kiểm tra theo quy định.
Nội dung kiểm tra thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất đối với cơ sở có thể bao gồm:
- Hồ sơ nhập khẩu nguyên liệu, vật tư.
- Chứng từ xuất kho và sử dụng nguyên liệu.
- Định mức sản xuất.
- Số lượng sản phẩm đã xuất khẩu.
- Lượng nguyên liệu còn tồn.
- Phế liệu, phế phẩm và hao hụt.
- Máy móc, thiết bị phục vụ sản xuất.
- Tính phù hợp giữa số liệu trên hệ thống và thực tế tại doanh nghiệp.
Vì vậy, doanh nghiệp không nên chỉ tập trung vào việc khai báo tờ khai thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất mà cần xây dựng hệ thống quản trị dữ liệu xuyên suốt từ nhập khẩu nguyên liệu → sản xuất → nhập kho thành phẩm → xuất khẩu → tồn kho.
Đây cũng là lý do phần mềm quản lý kho, ERP hoặc hệ thống quản lý nguyên vật liệu có vai trò ngày càng quan trọng đối với DNCX, đặc biệt quan trọng với vận chuyển hàng hóa quốc tế bằng đường biển.
Thực hiện báo cáo quyết toán hải quan
Báo cáo quyết toán là một trong những công việc thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất mà đơn vị sản xuất cần đặc biệt chú trọng hằng năm.
Theo quy định được áp dụng cho loại hình này, người khai hải quan thực hiện báo cáo quyết toán về tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu với cơ quan hải quan quản lý DNCX theo thời hạn quy định. Doanh nghiệp cần đối chiếu số liệu giữa tờ khai hải quan, sổ sách kế toán, hệ thống quản lý kho, định mức sản xuất và số liệu thực tế trước khi lập báo cáo.
Một báo cáo quyết toán trong thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất có thể phát sinh chênh lệch nếu doanh nghiệp quản lý không đồng bộ giữa các bộ phận như:
Kho → kế toán → sản xuất → xuất nhập khẩu → hệ thống ERP → dữ liệu hải quan.
Do đó, thay vì chờ đến cuối năm mới kiểm tra, DNCX nên thực hiện đối chiếu định kỳ theo tháng hoặc quý để sớm phát hiện nguyên liệu âm, tồn kho bất thường, sai định mức hoặc chênh lệch giữa hệ thống và thực tế.
Một số lưu ý quan trọng đối với doanh nghiệp chế xuất
Ngoài 5 nhóm công việc trên về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất, DNCX nên chủ động xây dựng quy trình quản lý nội bộ để đáp ứng yêu cầu kiểm tra, giám sát hải quan. Một số nội dung cần đặc biệt quan tâm gồm:

- Đảm bảo điều kiện giám sát hải quan tại nhà xưởng, kho và khu vực ra vào.
- Duy trì hệ thống camera và dữ liệu theo đúng yêu cầu.
- Quản lý nguyên liệu theo từng mã hàng, lô hàng và nguồn nhập.
- Theo dõi chính xác lượng nhập – sử dụng – tồn – xuất khẩu.
- Rà soát định mức khi có thay đổi về công nghệ hoặc quy trình sản xuất.
- Đối chiếu thường xuyên dữ liệu giữa phần mềm nội bộ và hệ thống hải quan.
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ, hồ sơ phục vụ kiểm tra sau thông quan.
- Đặc biệt cẩn trọng với các giao dịch DNCX – doanh nghiệp nội địa, thanh lý hàng hóa, máy móc và thiết bị.
Nghị định 35/2022/NĐ-CP cũng quy định thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất phải được cơ quan hải quan xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát trước khi chính thức đi vào hoạt động; nếu không đáp ứng điều kiện thì không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan.
Mời bạn tìm hiểu thêm về các thủ tục hải quan nhập khẩu hàng hóa chất
Lời kết
Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất không chỉ dừng lại ở việc khai và thông quan từng lô hàng. Doanh nghiệp còn phải quản lý xuyên suốt cơ sở sản xuất, định mức, nguyên liệu, máy móc, tồn kho, dữ liệu hệ thống và báo cáo quyết toán.
Đặc biệt, trong bối cảnh cơ quan hải quan ngày càng đẩy mạnh số hóa, kết nối dữ liệu và quản lý rủi ro, việc xây dựng hệ thống quản lý hàng hóa minh bạch ngay từ đầu sẽ giúp DNCX giảm sai sót, chủ động khi được kiểm tra và hạn chế các rủi ro về thuế, hải quan. Các quy định về điều kiện giám sát DNCX hiện vẫn đặt trọng tâm vào hàng rào, cổng/cửa, camera và hệ thống quản lý hàng hóa.
